بحث انتقال آب مخالفان و موافقان خود را دارد، اما اگر بخواهیم واقع‌بینانه به این به این مسئله بپردازیم، معایب اجرای طرح‌های انتقال آب بین حوضه‌ای هم بر استان مبدا و هم استان مقصد بیش‌تر از مزایای آن است، زیرا بر روی آبی برنامه‌ریزی صورت می‌گیرد که از پایداری آن اطمینان خاطر نداریم. انتقال آب تنها برای مصارف شرب توجیه پذیر است، اما امروز آب به‌نام شرب برای مصارف صنعت و کشاورزی به استان‌های کویری انتقال داده می‌شود، در سال‌های اخیر به‌علت کاهش بارش، تغییر اقلیم و خشکسالی‌های پی در پی، منابع آبی به شدت کاهش پیدا کرده است و همین مسئله استان‌های مبدا و مقصد انتقال آب را با مشکلات متعددی برای تامین آب موردنیاز مواجه کرده است.

استاد گروه آب دانشگاه صنعتی اصفهان با تأکید بر اینکه تأثیر انتقال آب بین حوضه‌ای بیش از چهار، پنج سال نیست و دوباره به همان وضعیت دچار می‌شویم، به لزوم استفاده از آب‌های غیرمتعارف اشاره کرد و گفت: اگر بزرگراه‌های کشور مجهز به زهکش بود و این آب‌ها جمع‌آوری می‌شد، یک سوم کمبود آب کشور از آن تأمین می‌شد.

دکتر سیدسعید اسلامیان در نشست هم‌اندیشی انتقال بین حوضه‌ای آب که در دانشگاه شهید چمران اهواز برگزار شد، با بیان اینکه شاید چیزی مانند آب مجازی باید در بحث انتقال آب مورد توجه قرار گیرد، اظهار کرد: اکنون در اصفهان 70 درصد برق تولیدی به استان‌های دیگر صادر می‌شود و اگر در خصوص آب نیز این رویه در پیش گرفته شود، مشکل حل می‌شود.