اگر شما برای استفاده از MODFLOW با GMS برای هر مقدار زمان که استفاده کرده اید، احتمالا متوجه شده اید که GMS از یک نسخه اصلاح شده از فایل های MODFLOW استفاده می کند. به طوری که فایل های MODFLOW را می توان با استفاده از رابط GMS به طور موثر استفاده کرد.

با این حال، زمانی وجود دارد که یک پروژه ممکن است نیاز به استفاده از فایل های مادری MODFLOW داشته باشد. این اغلب هنگام باز کردن یک پروژه MODFLOW که در ابتدا در GMS ایجاد نشده بود یا هنگام اشتراک پروژه با کسی که دسترسی به GMS ندارد، ضروری است.