یکی از چالش های اصلی در مدیریت اکوسیستم های آب شیرین، یافتن تعادل بین اهداف کوتاه مدت توسعه اجتماعی و اقتصادی و نیاز به حفاظت و بازگرداندن اکوسیستم های آب شیرین برای حمایت پایدار و درازمدت رفاه اجتماعی و اقتصادی است.

محیط زیست سازمان ملل متحد یک سری انتشارات تحت عنوان "چارچوب مدیریت اکوسیستم آب شیرین" را توسعه داده است. هدف اصلی این سری، حمایت از کشورها برای حفظ محیط زیست آب شیرین است. در انجام این کار، از اهداف ملی و بین المللی مربوط به اکوسیستم های آب شیرین مانند اهداف توسعه پایدار (SDG) حمایت می کند.