رودخانه ها به عنوان مهم ترین منابع تأمین کننده آب شرب و مصرفی شهرها و روستاهای کشور نقش مهمی در تأمین سلامت انسان و محیط زیست دارند، اما متأسفانه طی سال های اخیر به همراه رشد فزاینده ساخت و سازهای غیراصولی و توسعه شهرنشینی، شاهد تخلیه فاضلاب ها و پسماندهای خانگی، صنعتی، کشاورزی و بیمارستانی در رودخانه ها هستیم که این امر موجب تیرگی رودخانه ها و غلظت بالای آلاینده ها در حیاتی ترین مایع زندگی شده است. بسیاری از برنامه ریزی های منابع آب در کشورها بر اساس پتانسیل بالقوه منابع آب سطحی می باشد. آگاهی از کیفیت منابع آب یکی از نیازمندی های مهم در برنامه ریزی و توسعه منابع آب و حفاظت و کنترل آن ها می باشد. بدیهی است که برای آگاهی از کیفیت منابع آب و تولید اطلاعات مورد نیاز باید پایش انجام شود. چرا که داشتن اطلاعات جامع، صحیح و قابل اطمینان با دوره های زمانی مناسب می تواند عامل مهمی در تصمیم گیری ها و سیاست گذاری ها باشد. در عصر کنونی گسترش شهرها و احداث واحدهای صنعتی و کشاورزی وابسته به وجود منابع آب کافی به ویژه رودخانه ها بوده است. در این مناطق رودخانه ها نه تنها تأمین کننده مصارف مختل ف آب هستند، بلکه به عنوان مجاری طبیعی در انتقال پساب ها و فاضلاب های تولید شده عمل می نمایند. تخلیه انواع مختلف آلاینده های کشاورزی و صنعتی و پساب های شهری به رودخانه ها باعث شده است که در حال حاضر رودخانه ها به عنوان یکی از کانون های بحرانی از نقطه نظر آلودگی ها مطرح باشند. می توان بیان کرد که کاربری های شهری و کشاورزی بر کیفیت آب رودخانه تأثیر بسزایی دارد، به طوری که در حوضه هایی با کاربری کشاورزی و شهری بالا، نسبت به حوضه هایی که این کاربری ها در آن ها کمتر است، میزان آلودگی بیشتر است.