این شاخص‌ها به صورت ترکیبی برای تصمیم‌گیری‌های مدیریتی و برنامه‌ریزی جهت حفاظت از منابع آب زیرزمینی مورد استفاده قرار می‌گیرند. شاخص‌های مطرح در تحلیل پایداری آبخوان‌ها به منظور ارزیابی مدیریت پایدار منابع آب زیرزمینی و جلوگیری از تخریب این منابع عبارتند از:

فرونشست زمین، زنگ خطری جدی برای ایران، اکنون با نرخ بحرانی در تمامی استان‌ها در حال گسترش است. طبق گزارش‌ها، ۵ درصد از خاک کشور دچار فرونشست شده و استان‌هایی مانند کرمان و البرز، با فرونشستی تا ۴۰ سانتی‌متر در سال، از بیشترین آسیب‌ها رنج می‌برند. افت شدید سطح آب‌های زیرزمینی و کشاورزی غیراصولی از جمله عوامل اصلی این بحران هستند. درحالی‌که طرح‌های قانونی برای مقابله با این معضل در دستور کار قرار گرفته، کارشناسان تأکید می‌کنند که فقط پنج تا ده سال فرصت برای جلوگیری از مرگ آبخوان‌های کشور باقی مانده است.

رییس بخش زلزله مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی با بیان اینکه به طور متوسط میزان بارندگی در ایران ۱.۳ متوسط جهانی و میزان تبخیر ۳ برابر متوسط جهانی است، گفت: ۳۵ درصد از مساحت ایران در منطقه به شدت خشک و ۳۰ درصد از مساحت کشور در منطقه خشک واقع شده است، ضمن آنکه ۲۰ درصد از مناطق کشور نیمه خشک توصیف می‌شود. به گزارش ایسنا دکتر علی بیت اللهی امروز در وبینار مدیریت خطر فرونشست زمین، با تاکید بر اینکه برای چالش فرونشست زمین سازگاری با کم آبی رویکرد اشتباهی است، گفت: با فرونشست زمین در دشت مهیار اصفهان شکاف‌ها و ترک‌هایی ایجادشده که تا مسکن مهر حبیب آباد به پیش رفته ضمن آنکه راه آهن تهران-مشهد نیز دستخوش پدیده مخرب فرونشست شده است.

معاون آبخیزداری اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری استان تهران ضمن اشاره به سه ابر چالش آبی استان تهران گفت: با انجام اقدامات آبخیزداری تا حدودی می‌توان اثرات مخرب این چالش‌ها را کاهش داد. حمیدرضا زکی زاده افزود: تقریبا یک میلیون و ۴۰۰ هزار هکتار مساحت حوضه‌های آبخیز استان تهران است و مهمترین بخشی که باید مورد توجه قرار بگیرد، حوضه‌های آبخیز هفت شهرستان استان تهران شامل شهرهای تهران،شمیرانات، دماوند، فیروزکوه، پردیس، شهرری و پاکدشت است. این شهرستان‌ها در معرض خطر بارش رگباری هستند که روان‌آب ناشی از آن می‌تواند به‌ سیلاب تبدیل شود.

یکی از مسائلی که در اثر برداشت بی‌رویهٔ آب زیرزمینی رخ می‌دهد، فرونشست زمین land subsidence است. در نمونه‌ای، این وضعیت اکنون در بسیاری از زمین‌های استان‌های کرمان و خراسان ایران که دشت‌ها با بیلان منفی آب زیرزمینی روبرو هستند، رخ داده‌است. نشست زمین در آکیفرهای محصور و نیمه محصور که از مواد آبرفتی تحکیم نشده یا نیمه تحکیم شده تشکیل یافته باشند بیشتر دیده می‌شود. در اثر برداشت آب زیرزمینی و بیرون آمدن آب از منافذ امکان متراکم شدن مواد تا عمق ۳۰۰ متر فراهم می‌گردد و هرچه بیشتر برداشت شود، تراکم مواد بیشتر خواهد بود. نشست زمین باعث ایجاد شکاف‌های عمیق در سطح زمین، کج شدن لوله‌های چاه، خرابی ساختمان‌ها و لوله زایی چاه‌ها می‌گردد. لوله زایی به پدیده‌ای گفته می‌شود که در آن به دلیل نشست زمین قسمتی از لوله چاه به خارج از سطح زمین رانده می‌شود.

مدیرکل دفتر کنترل سیلاب و آبخوان‌داری سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری ضمن اشاره به اینکه بهره‌برداری نامناسب شرایط دشواری را در ۶۷ درصد از آبخوان‌های کشور به وجود آورده است، گفت: شرایط خشکسالی در ایران ممکن است سبب افزایش فشارها بر منابع آب زیرزمینی شود.  ابوالقاسم حسین‌پور با اشاره به وضعیت بحرانی سفره‌های آب زیرزمینی و فرونشست زمین در کشور اظهارکرد: شرایط خشکسالی در ایران ممکن است که سبب افزایش فشارها بر منابع آب زیرزمینی شود اما باید این را بدانیم که اگر چنین شرایطی را مدیریت نکنیم، منابع آب زیرزمینی فرصت تجدید حیات را از دست خواهند داد و هشدارهایی که درخصوص فرونشست زمین داده می‌شود، به واقعیت تبدیل خواهد شد.

مصارف بی رویه و کنترل نشده منابع آب‌سطحی و زیرزمینی، کاهش نزولات جوی، تمرکز مصرف در برخی نقاط (عدم تعادل بین تقاضا و پتانسیل تأمین آب)، الگوی کشت نامناسب و عدم آبیاری صحیح و حفر چاه های متعدد و بهره‌برداری بی برنامه از آن ها در چند دهه اخیر باعث بحرانی شدن وضعیت منابع آب‌ زیرزمینی در اکثر دشت های کشور شده است. به نحوی که سطح آب زیرزمینی در اغلب آبخوان های کشور به طور مداوم  سیر کاهشی داشته و متوسط افت سالانه در طول 15 سال گذشته در حد 12 متر بوده است.

کاهش سطح  تراز آب زیرزمینی دشت ها اثرات زیادی دارد و باعث افزایش هزینه استحصال آب و افزایش مصرف انرژی، کاهش کیفیت آب و ظهور پدیده فرونشست زمین می‌گردد. هرکدام از این عوامل پیامدهای منفی ثانویه نیز دارد. به عنوان نمونه با کاهش حجم آب قابل برداشت منابع زیرزمینی و افزایش هزینه استحصال آب، سطح زیرکشت محصولات کاهش و قیمت محصولات افزایش می‌یابد.