بسیاری از دانش پژوهانی که علاقه مند به مطالعات تکمیلی در حیطه آب های زیرزمینی می باشند، احتمالا با اندکی مطالعه دریافته اند که درگاه ورود به بهترین مدل ها و ابزارهای تحلیلی، آموزش های در حوزه کد MODFLOW است. کد ریاضیِ MODFLOW در واقع مجموعه ای طویل از روابط ریاضی و روش های عددی است که حل معادلات آن در گذشته با ابزاری غیر گرافیکی و امروزه در نرم افزارهای منحصر به فردی ارائه می شود. بنابراین ابتدا لازم است تا متوجه این نکته که خود MODFLOW صرفا یک مدل است و نباید آن را با نرم افزار اشتباه بگیرید، باشید. نرم افزارها تنها فضای تحلیل و اجرای این کد می باشند. برای نمونه می توان به سه نرم افزار معروف برای کد MODFLOW اشاره کرد: